콩과 보호자들은 정착할 수 있는 곳을 찾아 특별하고 강력한 유대감을 형성하고 있는 지아와 함께 여정을 떠나게 된다. 그러던 중 지구 파괴를 위한 회심의 날을 휘두르는 고질라와 마주하게 되고, 보이지 않는 힘에 의해 맞붙게 된 두 전설의 대결은 지구 깊은 곳에 도사린 수수께끼의 시작에 불과할 뿐이었는데…